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UMR 6249 CNRS Chrono-environnement

Maladies Infectieuses Emergentes et Re-émergentes / Génomique microbienne / One Health

Profil enseignement

Le service de l’enseignant(e) sera réduit les 4 premières années avec 64 h ETD en génomique microbienne, génétique des microorganismes pathogènes, et génétique des populations microbiennes pathogènes en licence, master 1 et master 2.

La personne recrutée devra maîtriser les concepts et les outils d’étude de l’émergence et la diffusion des micro-organismes pathogènes pour l’homme. Elle devra posséder de solides connaissances des mécanismes de résistance des microorganismes aux agents anti-infectieux. Des connaissances en maladies infectieuses seraient un plus particulièrement apprécié. Il est également demandé un haut niveau en génomique microbienne pour que ses enseignements se situent aux interfaces entre approches cliniques, analyses de laboratoire (séquençage haut débit) et analyses bio-informatique des données générées.

Une partie de ses enseignements portera sur l’utilisation des méthodes de séquençage de nouvelle génération (NGS) dans le domaine de la génomique microbienne pour répondre à des questions dans les domaines de l’émergence, la diffusion et l’évolution des pathogènes épidémiques.

Profil recherche

Participation aux projets de recherche en génomique et phylogénie des microorganismes pathogènes infectieux émergents et ré-émergents.

La personne recrutée aura pour mission d’initier des projets en génomique des micro-organismes pathogènes pour l’homme. Elle devra posséder de solides connaissances en génomique des populations et en biologie des bactéries. Rompue aux analyses bio-informatiques et biostatistiques, elle devra justifier d’une solide expérience dans l'analyse des données issues du séquençage massif que cela soit dans des études phylogénétiques, d’évolution bactérienne. Une très bonne connaissance des transferts de pathogènes entre les secteurs humains, animaux, et environnementaux (approche One Health) sera très appréciée.

Contact(s)

Nom, Prénom : Didier HOCQUET

Fonction : PU-PH

Téléphone : 03 70 63 21 34

Mail : dhocquet@chu-besancon.fr