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Dernière mise à jour : Mai 2018

Menu Fédération de recherche en infectiologie de la région Centre-Val de Loire

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Genomic plasticity, biodiversity and resistance to antibiotics

Director : Axel Cloeckaert

Activités de recherche

Plasticité Génomique, Biodiversité, Antibiorésistance - Centre international de ressources microbiennes-Bactéries pathogènes

Deux thématiques : la résistance aux antibiotiques chez les Entéro bactéries et la biodiversité des Brucella et un centre international de ressources microbiennes - Bactéries pathogènes

Résistance aux antibiotiques

Actuellement, la résistance aux antibiotiques est un problème majeur en santé publique. Ce problème devient de plus en plus inquiétant, notamment avec l’accroissement de la multirésistance des bactéries pathogènes humaines et animales, ainsi que l’émergence rapide de nouvelles résistances à des antibiotiques récents. Ainsi, l’évolution rapide de la situation sur le terrain et des connaissances scientifiques, nous a conduit à définir les objectifs prioritaires suivants:

  • Etudier les bactéries pathogènes zoonotiques majeures (Salmonella, Echerichia coli) impliquées dans les toxi-infections bactériennes d’origine alimentaire ;
  • Suivre l’évolution de la résistance aux principales molécules récemment introduites en thérapeutique (céphalosporines de troisième génération, fluoroquinolones...) ;
  • Caractériser les mécanismes de résistance et étudier la possibilité de les contrer ;
  • Etudier les supports génétiques de la résistance et leur mobilité.

Nos travaux de recherche se structurent selon différents axes:

  • Détection de l’émergence de nouvelles résistances aux antibiotiques basée sur la surveillance en santé animale et en santé publique (élevage, origine alimentaire, homme) ;
  • Caractérisation des gènes impliqués, de leur environnement et de leur mobilité, et étude de la plasticité des supports génétiques (intégrons, transposons, îlots génomiques) ;
  • Caractérisation des mécanismes de résistance multiple aux antibiotiques impliquant les systèmes d’efflux, leur régulation et leur inhibition ;
  • Relation entre résistance aux antibiotiques et virulence.

Biodiversité des Brucella

Les études de la biodiversité et de la plasticité génomique des Brucella portent d’une part sur les nouvelles espèces émergentes isolées de la faune sauvage et de l'environnement.

Les souches isolées de mammifères marins présentent un danger potentiel pour la santé humaine. Ces souches ont commencé à émerger dans les années 90. Nous savons maintenant qu’elles sont répandues dans tous les océans du globe. La plasticité génomique de ces souches semble plus importante que celle des souches isolées de mammifères terrestres. Elles portent :

  • plus d’éléments mobiles tels que des séquences d’insertion
  • et potentiellement de nouveaux îlots génomiques.

L’étude de leur biodiversité et de leur plasticité génomique permettra de mieux comprendre leur évolution vis-à-vis des espèces de Brucella de mammifères terrestres. Elle aidera à la validation de nouveaux noms d’espèces proposés dans le cadre du sous-comité de taxonomie des Brucella nouvellement créé (http://www.the-icsp.org/subcoms/Brucella.htm).

Centre international de ressources microbiennes - Bactéries pathogènes

Cette équipe est impliquée dans la caractérisation moléculaire des souches bactériennes émergentes. Les études comprennent le séquençage de l'ensemble des génomes ainsi que leur analyse.