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Pathogénicité, virulence et résistance bactériennes dépendent de nombreux mécanismes post-transcriptonnels qui orchestrent et adaptent rapidement l’expression des gènes aux conditions environnementales. Nous nous intéressons particulièrement aux exemples de régulation post-transcriptionnelle qui impliquent ou reposent sur le remodelage structural de l’ARN. Un acteur majeur (et spécifique) de ce remodelage chez la bactérie est le facteur de terminaison de la transcription Rho. Nous étudions comment ce moteur moléculaire ATP-dépendant fonctionne [1], quelles sont ses cibles génomiques préférentielles [2], comment son activité affecte et/ou dépend de la structure du transcrit ARN naissant [3] et comment ces propriétés sont conservées ou déclinées au sein du règne bactérien [4]. Nous utilisons des approches classiques de microbiologie et de biologie structurale mais développons également des approches originales de biochimie de l’ARN, de SELEX fonctionnel et d’analyse bioinformatique des génomes et transcriptomes bactériens.

1. Soaeres, E., Schwartz, A., Nollmann,M.,  Margeat, E., & Boudvillain, M. (2014) The RNA-mediated, asymmetric ring regulatory mechanism of the transcription termination Rho helicase decrypted by time-resolved Nucleotide Analog Interference Probing (trNAIP). Nucleic Acids Res. (2014) 42, 9270-84.

2. Nadiras C., Eveno E., Schwartz A., Figueroa-Bossi N. & Boudvillain M. (2018) A multivariate prediction model for Rho-dependent termination of transcription. Nucleic Acids Res. (2018) 46, 8245-8260.

3. Figueroa-Bossi, N., Schwartz, A., Gillemardet, B., D’Heygère, F., Bossi, L. & Boudvillain, M., RNA remodeling by bacterial global regulator CsrA promotes Rho-dependent transcription termination, Genes Dev. (2014) 28, 1239-51.

4. Saridakis, E, Vishwakarma R., Lai-Kee-Him J., Martin K., Simon I., Cohen-Gonsaud M., Coste F., Bron P., Margeat E., & Boudvillain M. (2022) Cryo-EM structure of the transcription termination factor Rho from Mycobacterium tuberculosis reveals mechanism of resistance to bicyclomycin, Commun Biol (2022) 5(1):120.