Les analyses moléculaires regroupent les activités de RMN, Spectrométrie de masse, next generation sequencing, bioinformatique des omiques.
PIXANIM
La plate-forme PIXANIM (Phénotypage par Imagerie In/eX vivo de l'Animal à la Molécule) est une plateforme expérimentale et analytique. PIXANIM permet le phénotypage animal et l'exploration fonctionnelle, de l'animal entier jusqu'à la molécule. PIXANIM est certifiée ISO 9001, labellisée IBISA et membre de l'Institut Carnot France Futur Elevage. Analyses moléculaires avec un ensemble de technologies dédiées à la protéomique et à la lipidomique pour l'identification et quantification des biomolécules.
Equipement : Spectromètre de masse MALDI-TOF RapifleX, Spectromètre de masse LTQ Velos Pro Obitrap. Trois salles de bloc opératoire de standard hospitalier. Salles d'hébergement ovins / porcins de longue durée.
Localisation : Nouzilly
Contact : pixanim@inrae.fr,
Site et réseaux sociaux : https://twitter.com/PIXANIM1
Plateforme de spectrométrie de masse :
La plateforme est spécialisée dans l’analyse de biomolécules (protéines entières, peptides, oligonucléotides, glycanes, polymères ou petites molécules organiques) qui peuvent être pures ou dans des mélanges complexes.
La plateforme de Spectrométrie de Masse et Protéomique du Centre de Biophysique Moléculaire prend en charge les analyses MALDI-TOF/TOF, nanoLC-IT MS/MS et ESI-UHR-QTOF (FR2708). Ces analyses peuvent être effectuées dans plusieurs optiques :
- Vérifier la qualité d’un produit issu de synthèse organique,
de génie biologique ou d’une purification biochimique (analyses QC, caractérisation de biothérapeutiques protéines et acides nucléiques),
- Déterminer la formule brute d’un composé,
- Identifier des molécules inconnues (métabolisme, impureté…),
- Localiser des modifications post-traductionnelles ou induites des protéines,
- Identifier des protéines (protéomique).
Equipement : 3 spectromètres de masse. 1 MALDI-TOF/TOF UltrafleXtreme (Bruker), 1 ESI-Trappe Ionique HCT Ultra-ETD (Bruker), 1 UHR-ESI-QTOF MaXis-ETD (Bruker) et 1 UHR-Q-TOF MaXis-CID dans le cadre de la FR2708. Les spectromètres à source ESI peuvent êtres couplés à l’une des 3 chromatographies liquides : CapLC (Waters), UHPLC U3000 et nanoUHPLC U3000 (Dionex).
Localisation : Orléans
Contact : Guillaume Gabant <guillaume.gabant@cnrs-orleans.fr> , Responsable de la Plateforme et Martine Cadene <martine.cadene@cnrs-orleans.fr> , Responsable Scientifique
Site et réseaux sociaux : http://cbm.cnrs-orleans.fr/la-recherche-2/plateforme-spectrometrie-de-masse/
Plateforme des techniques analytiques :
La plateforme des Techniques Analytiques est principalement dédiée à l'analyse et la caractérisation des composés issus de synthèse organique.
Analyses possibles : suivi réactionnel (FIA-MS, LC-MS & TLC-MS); mesure de pureté; quantification; mesures spectrophotométriques.
Equipement : simple quadripôle (MSQ, Thermo) + Ultimate 3000 ; triple quadripôle (Endura, Thermo) + Ultimate 3000RSLC ; TLC-ESI-MS ; HPLC-UV-DEDL (Agilent) ; GC-FID (Shimadzu)
Techniques spectroscopiques : FT-IR ; UV-Vis ; Fluorescence ; RMN 400 Mhz, 250 Mhz.
Localisation : Orléans
Contact : cyril.colas@univ-orleans.fr
Site et réseaux sociaux : https://www.icoa.fr/fr/content/les-services-support-et-soutien-%C3%A0-la-recherche; https://www.linkedin.com/company/institut-de-chimie-organique-et-analytique---icoa-umr7311/; https://twitter.com/ICOA_UMR7311
BISCEm (Biologie Intégrative Santé Chimie Environnement)
Plateforme technologique pluridisciplinaire de l'institut de recherche GEIST de l'Université de Limoges, qui rassemble les grandes familles de technologies pour les sciences du vivant, permettant, au sein d’une même structure, l’étude d’organismes entiers, de tissus, de cellules et de molécules. BISCEm est organisée en 3 pôles d’activités qui contribuent à l’avancée des programmes de recherche des équipes utilisatrices dont les thèmes principaux de recherche sont : agents infectieux (bactéries, virus, parasites), immunité, transplantation, cancer, neurosciences, et ressources naturelles.
Le pôle analyses moléculaires associe les plateaux de résonance magnétique nucléaire (RMN - identification structurale de petites et moyennes molécules naturelles ou synthétiques en solution), de spectrométrie de masse (identification et quantification de petites molécules et de protéines, applications omiques), d’analyse d’acides nucléiques (analyse qualitative et quantitative, PCR en temps réel haut débit, séquençage, applications omiques), et de bioinformatique qui traite les données « omiques ». Le pôle fonctionne de façon coordonnée avec l’unité fonctionnelle de séquençage du CHU et développe un projet collaboratif avec la plateforme PREMISS de l’Université de Limoges.
Equipement : BISCEm dispose de plus de 80 équipements pour le soin de base et la réalisation d’expériences dans le respect du bien-être animal, et de plus de 30 équipements semi-lourds et lourds et des logiciels dédiés pour les analyses cellulaires, tissulaires et moléculaires. Les équipements sont répartis dans près de 1300 m2 de locaux dédiés sur le campus hospitalo-universitaire de Limoges. D’autres équipements sont accessibles via les 5 plateformes partenaires et les équipes de recherche du site.
Localisation : Limoges
Contact : contact.biscem@unilim.fr
Site et réseaux sociaux : https://www.unilim.fr/recherche/biscem/
Equipe INRAE BioMAP :
L'équipe de recherche "BioMédicaments Anti-Parasitaires" possède une plateforme de production de protéines recombinantes, axée majoritairement sur les anticorps et dérivés (scFv, diabody, minibody, anticorps bispécifique...).
L'expertise porte sur l’ensemble du développement : (i) séquençage des anticorps, (ii) conception des protéines, (iii) constructions des vecteurs d’expression, (iv) production en système d’expression eucaryote (CHO, sans sérum), (v) purification automatisée et (vi) caractérisations structurale et fonctionnelle (à l'aide de techniques récentes comme la nanoDSF ou la thermophorèse). De nombreuses optimisations peuvent également être réalisées sur les « anticorps » afin d’améliorer leur développabilité. Expertise en conception et développement à façon de protéines recombinantes.
Equipement : Le laboratoire est équipé de tout le matériel nécessaire pour la culture (incubateurs, agitateurs, poste de sécurité microbiologique…), la biologie moléculaire (thermocycleurs, cuves d'électrophorèse, ultracentrifugeuse…), la biochimie (cuves pour SDS-PAGE, appareils de pointe pour la chromatographie d'exclusion-diffusion, les mesures d'aggrégation, d'interaction, de stabilité, d'affinité : ÄKTA Pure, Monolith, Prometheus).
Localisation : Tours
Contact : nicolas.aubrey@univ-tours.fr
Site et réseaux sociaux : https://www6.val-de-loire.inrae.fr/infectiologie-santepublique/Recherches/Pole-parasitologie/Biomedicaments-antiparasitaires ; https://www6.val-de-loire.inrae.fr/infectiologie-santepublique/Fiches-personnelles/Parasitologie/Aubrey
Equipe INRAE DOVE :
L'équipe "Défense de l'œuf, valorisation, Evolution" (DOVE), est l'une des 4 équipes de l'UMR "Biologie des Oiseaux et Aviculture"(BOA) du Centre INRAE Val de Loire (Nouzilly). L'équipe regroupe des compétences sur les différentes structures impliquées dans la défense de l'œuf et sa qualité (espèces d'intérêt agronomique : Poule/poulet, cane et pintade, en particulier). Ses projets scientifiques couvrent à la fois des recherches fondamentales et des recherches appliquées pour les filières "oeufs de consommation" et "oeufs à couver". L'équipe DOVE bénéficie également des expertises des 3 autres équipes de l'UMR BOA en Physiologie, Nutrition, Génétique, Biostatistiques et Métabolisme des oiseaux d'elevage, de projets avec l'Institut Technique de l'Aviculture (ITAVI) dans le cadre de l'Unité Mixte Technologique BIRD, et de la proximité géographique du Pôle d'Expérimentation Avicole de Tours (https://doi.org/10.15454/1.5572326250887292E12).
Expertises en analyse des données "omiques" (transcriptomique, proteomique), en physiologie de la formation de l'œuf, sur les mécanismes impliqués dans la biominéralisation (coquille), ses critères de qualité et sur le rôle de l'oeuf au cours du développement embryonnaire. L'équipe s'appuie sur des collaborations avec le CIRM-BP et 4 à 5 équipes de l'UMR Infectiologie et Santé Publique pour les questions relatives à la défense immunitaire et les interactions hôte/pathogènes, le Centre de Biophysique Moléculaire (CNRS, Orléans) pour les analyses structurales de protéines antimicrobennes, des plateformes de Protéomique (PIXANIM, INRAE, Tours), de microscopie électronique (Plateforme IBISA de Microscopie Electronique, Université de Tours) et de métabolomique (Plateforme de Métabolomique et d’Analyse Chimique, Université de Tours) pour des approches intégrées à la fois moléculaires, physicochimiques et macroscopiques. L'équipe entretient des collaborations de longue date avec des équipes nationales et internationales (Canada, Espagne, Allemagne, Grande Bretagne, en particulier) dédiées à la compréhension des mécanismes associés à la formation de l'oeuf d'oiseau et à la variabilité génétique, structurale, biochimique et moléculaire des différents systèmes de défense de l'oeuf. L'équipe mène également des recherches en collaboration avec des entreprises du secteur privé dans les domaines de la nutrition animale et de la sélection génétique. Les membres de l'équipe sont impliqués dans 3 sociétés savantes (World Poultry Science Association, Société Française des Tissus Biominéralisés, GDR MultiFonction des Peptides Antimicrobiens).
Equipement : DET6000 et Instron pour les mesures de qualité de l'œuf (coquille, compartiments internes)/ équipements pour la purification de protéines et de peptides (colonnes de chromatographie d'affinité et en phase inverse, électrophorèse) et pour l'étude expressionnelle par Q-RT-PCR (382 puits).
Localisation : Nouzilly
Site et réseaux sociaux : https://www6.val-de-loire.inrae.fr/boa/Recherches/Defense-de-l-Oeuf-Valorisation-Evolution-DOVE
EBI - Laboratoire d'Ecologie et Biologie des Interactions (EBI) - UMR CNRS 7267
EBI développe des recherches sur les interactions entre espèces hôtes, microorganismes et facteurs du milieu. Ces thèmes sont abordés par une approche intégrée qui va de la molécule à l’organisme et jusqu’aux écosystèmes. Biologie de l'environnement, qualité des milieux, microbiologie de l'eau, génomique environnementale.
Equipement : Plateau Biotron : dispositifs expérimentaux d’environnements contrôlés pour invertébrés et végétaux ; Plateau Enviromics : dispositifs destinés aux techniques «omiques» et bioinformatique ; Plateau Microbios : dispositifs d'analyse des microorganismes de l'environnement.
Localisation : Poitiers
Site et réseaux sociaux : https://ebi.labo.univ-poitiers.fr/
