Chargé de projet de recherche en épidémiologie moléculaire appliquée aux infections virales chez le porc (H/F) (France)

Catégorie d’emploi: Agent contractuel de catégorie 2 ou agent titulaire de catégorie A

Type de contrat: Contrat à durée indéterminée de droit public, détachement, affectation.

Prise de fonction: Dès que possible

Rémunération: selon l’expérience et le niveau de formation par référence aux grilles indiciaires des agences sanitaires, en application du décret n° 2003-224 du 7 mars 2003, ou selon statut particulier si fonctionnaire.

L’AGENCE ET L’ENTITÉ D’AFFECTATION

L’Agence nationale de sécurité sanitaire de l’alimentation, de l’environnement et du travail (Anses) est un établissement public administratif placé sous la tutelle des ministères chargés de l’agriculture, de la consommation, de l’environnement, de la santé et du travail. Elle intervient dans les domaines de la santé au travail, de l'environnement, de l'alimentation, de la santé et du bien-être des animaux, de la santé des végétaux avec un objectif prioritaire : contribuer à assurer la sécurité des travailleurs et des consommateurs.
Pour élaborer des recommandations de santé publique, l'Anses met en oeuvre une expertise scientifique indépendante, pluridisciplinaire, collective et contradictoire. Elle s’appuie sur un réseau de 9 laboratoires de référence et de recherche sur 18 sites. Ils ont des missions d'expertise, de surveillance épidémiologique, d'alerte et de conseil scientifique et technique. Ils assurent, ainsi, un rôle essentiel dans la qualification des dangers par la collecte des données issues des réseaux de laboratoires agréés.

Entité recruteuse:
Laboratoire de Ploufragan-Plouzané-Niort, site de Ploufragan Unité Virologie Immunologie Porcines (UVIP)
Laboratoire National de Référence (LNR) pour la Peste Porcine Classique, la Peste Porcine Africaine, la Maladie d’Aujeszky et l’Influenza Porcin - Laboratoire de référence OIE pour la Maladie d’Aujeszky

Missions / contexte : Le/la chargé-e de projet viendra consolider l’effectif scientifique d’une Unité de 15 personnes dont les missions impliquent des activités de référence, d’épidémiosurveillance, d’appui scientifique et technique, recherche et d’expertise dans le domaine des infections virales chez le porc. Ces activités se déclinent, de manière complémentaire et interactive, dans les domaines de la virologie, de l’épidémiologie moléculaire, de l’immunologie et de la vaccinologie. Les virus surveillés et étudiés sont les virus des Pestes Porcines et de la Maladie d’Aujezsky, dangers sanitaires réglementés, ainsi que les virus responsables de syndromes respiratoires, comme l’Influenza Porcin et le Syndrome Dysgénésique et Respiratoire Porcin, maladies à conséquences économiques importantes dans les élevages. Les virus influenza porcins requièrent en outre une attention particulière en raison de leur potentiel zoonotique.

DESCRIPTION DU POSTE

Missions

Sous l’autorité scientifique de la responsable de la thématique Influenza Porcin, et en lien avec les responsables des autres thématiques de l’Unité, le/la chargé-e de projet apportera son expertise à la surveillance des virus porcins étudiés dans l’Unité et à l’avancée des travaux de recherche impliquant l’étude des génomes viraux et le suivi de leurs évolutions. Il/elle sera notamment chargé-e de mener les travaux d’épidémiologie moléculaire relatifs aux virus influenza porcins et d’étudier les génomes de ces virus, afin de pouvoir renseigner les autorités sur tout nouveau virus émergent à potentiel zoonotique.
De plus, sous l’autorité du Chef d’Unité, le/la chargé-e de projet exercera la fonction de Responsable Technique suppléant pour les activités de référence de l’Unité.

Activités
A ce titre, le/la chargé-e de projet devra :
- Réaliser des reconstructions phylogénétiques, mettre en oeuvre des analyses de phylodynamique, étudier le polymorphisme nucléotidique, appréhender les évènements de réassortiments ou de recombinaisons génétiques, etc.
- Etudier les génotypes viraux (recherche de marqueurs de virulence ou de résistance, analyse des sites antigéniques et des sites de fixation aux récepteurs, recherche de déterminants de transmission inter-espèce, etc.) en lien avec les travaux menés par ailleurs dans l’Unité sur les phénotypes
- Adapter les méthodes de séquençage et d’analyses des séquences aux objectifs de recherche, en lien avec les bioinformaticiens de la plateforme NGS et les bioanalystes des autres Unités
- Appliquer les connaissances acquises sur les génomes au développement de nouvelles méthodes de diagnostic moléculaire
- Gérer les bases de données de séquences en lien avec les souchothèques et échantillothèques
- Etre force de proposition pour la formulation des questions de recherche, participer au montage de nouveaux projets et contribuer aux collaborations de l’Unité avec ses partenaires scientifiques, au sein de l’Anses et autres instituts nationaux et internationaux
- Participer à la formation et l’encadrement des post-doctorants, doctorants et stagiaires dans le domaine de l’étude des génomes viraux
- Valoriser les résultats obtenus par des publications dans des journaux scientifiques et des communications orales/affichées
- Contribuer à la gestion du diagnostic de référence des LNRs
- Participer au maintien et à l’amélioration du système de management de la qualité de l’Unité

Conditions particulières
- Travail en laboratoire confiné de niveau P2+/P3
- Astreintes possibles en cas de crise sanitaire majeure en virologie porcine, ou plus largement en virologie animale en soutien à d’autres Unités/LNRs
- Poste soumis à déclaration publique d’intérêt (DPI)

PROFIL RECHERCHÉ

Diplômes requis : BAC+3 minimum, BAC+5, Doctorat souhaité, en sciences biologiques ou en microbiologie ou en épidémiologie.

Expériences similaires
- Expérience préalable de recherche en épidémiologie moléculaire et analyses de génomes viraux.
- Expérience post-doctorale à l’étranger appréciée.

Compétences
- Connaissances et compétences en évolution, phylogénie, génomique comparée, métagénomique
- Connaissance des outils de traitement des données NGS et des techniques de bio-informatique
- Compétences en bio-statistiques et maîtrise du logiciel R
- Aptitudes relationnelles et goût pour le travail en équipe
- Autonomie, capacités d’organisation et de planification, rigueur, sens critique, dynamisme
- Aptitude à rendre compte, à synthétiser
- Capacités rédactionnelles et aptitude à communiquer ses résultats oralement
- Bonne maîtrise de l’anglais
- Connaissances générales de l’assurance qualité en laboratoire
- Capacité à respecter les règles d’hygiène et de biosécurité
- Aptitude à porter les valeurs de la structure

POUR POSTULER

Date limite de réponse : 27 avril 2022

Renseignements sur le poste : Gaëlle Simon, Chef d’Unité Adjoint, Directeur de projets Influenza Porcin (gaelle.simon@anses.fr; +33 (0)2 96 01 01 63) ou Marie-Frédérique Le Potier, Chef d’Unité (marie-frédérique.lepotier@anses.fr; +33 (0)2 96 01 62 90)

Adresser les candidatures par courriel (lettre de motivation + CV) en indiquant la référence 2021-125 à : recrutement@anses.fr