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Informations générales

Intitulé de l'offre : CDD post-doctorant sur le remodelage des membranes cellulaires durant l'infection par les poxvirus (H/F)
Référence : UMR9198-SOLSTR-001
Nombre de Postes : 1
Lieu de travail : GIF SUR YVETTE
Date de publication : lundi 6 février 2023
Type de contrat : CDD Scientifique
Durée du contrat : 24 mois
Date d'embauche prévue : 1 avril 2023
Quotité de travail : Temps complet
Rémunération : salaire brut mensuel entre 2889 € et 4082 € selon expérience
Niveau d'études souhaité : Doctorat
Expérience souhaitée : 1 à 4 années
Section(s) CN : Biologie moléculaire et structurale, biochimie

Missions

Le projet de recherche peut s'orienter selon les compétences et intérêts du candidat retenu. Le post-doctorant pourra contribuer à différents aspects :
• étude du rôle et de la structure de protéines virales essentielles à l'assemblage de la membrane virale du virus de la vaccine comme modèle des poxvirus
• mise en place du système de traduction in vitro (ou "expression cell-free") à partir d'extraits de réticulocytes couplés à des microsomes ou de germes de blé pour production et purification de protéines virales avec leur(s) partenaire(s)
• mise en place et optimisation sur ces échantillons, des protocoles de préparation d'échantillons, de collecte et d'analyses de données pour la cryo microscopie électronique par tomographie et analyse "single particle"
• analyse des données, communication à des colloques nationaux et internationaux, publication d'articles scientifiques

Activités

Activités principales :
- Biologie moléculaire : clonage ; expression de protéines recombinantes (E. coli, cellules HEK, cell-free, etc.) ; purification de macromolécules
- Biochimie : interactions protéine-protéine et protéine-lipide ; utilisation de systèmes de membranes modèles (liposomes, microsomes, etc.)
- Biologie structurale : cryo microscopie électronique par tomographie et analyse "single particle" ; cristallographie aux rayons X
- Biologie cellulaire : culture cellulaire (cellules HeLa, HEK, etc.) ; transfection ; lignées stables
- Virologie : infection ; production et purification de virus
Autres activités :
- Dépôt et pilotage de projets
- Encadrement d'étudiants en licence et master
- Participation à la supervision d'étudiants en thèse
- Gestion de certaines activités du laboratoire
Les profils interdisciplinaires à l'interface de la virologie, de la biochimie des membranes ou de la biologie moléculaire et structurale sont un plus.

Compétences

Le candidat doit avoir obtenu une thèse de doctorat récemment (ou être sur le point de la soutenir) en biologie avec une spécialisation en virologie, biochimie, biologie moléculaire ou biologie structurale et une compétence en recherche attestée par, idéalement, une ou plusieurs publications en premier/co-premier auteur en lien avec la thématique et les activités du projet.
Connaissances théoriques et pratiques souhaitables :
- Connaissances solides en biologie moléculaire : maîtrise des techniques de clonage, d'expression et de purification de protéines recombinantes
- Expérience pratique sur des protéines membranaires ou dans la manipulation de systèmes de membranes modèles (e.g. liposomes, microsomes, etc.) ou encore dans l'analyse des interactions protéine-protéine ou protéine-lipide
- Réalisation antérieure de préparation d'échantillons, collecte ou analyse de données en cryo microscopie électronique (tomographie ou analyse "single particle") ou cristallographie aux rayons X
- Expérience en culture cellulaire (e.g. HeLa, HEK)
- Connaissance des techniques d'infection, de production et de purification de particules virales
- Bonne maitrise de l'anglais aussi bien à l'écrit qu'à l'oral
Compétences opérationnelles :
- Mettre en œuvre et rédiger les protocoles expérimentaux en utilisant les matériels et équipements dédiés avec une maitrise des logiciels informatiques spécifiques
- Qualités rédactionnelles, capacité à formuler un projet scientifique, à publier et à valoriser ses recherches
- Capacité à travailler en équipe sur des projets pluridisciplinaires
- Autonomie, capacité organisationnelle et capacité à rendre compte
- Encadrement et formation d'étudiants
Savoir-être :
- Aisance relationnelle
- Sens de l'organisation
- Rigueur / Fiabilité
- Autonomie
- Curiosité intellectuelle et scientifique

Contexte de travail

Le post-doctorant fera partie de l'équipe "Réplication et assemblage des poxvirus" dans le département de Virologie au sein de l'Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC). L'I2BC est une unité mixte de recherche CNRS (UMR9198), CEA, et Université Paris-Saclay, composée de près de 650 personnes. L'unité représente un environnement scientifique extrêmement riche et dynamique avec 60 équipes de recherches réparties dans 5 départements scientifiques, 15 plateformes technologiques.
L'équipe travaille sur les poxvirus et s'intéresse aux mécanismes moléculaires conduisant au remodelage de la cellule lors de l'infection par ces agents pathogènes. Le projet de recherche vise à mieux comprendre le mécanisme d'assemblage de la particule virale du virus de la Vaccine. Il a pour but de déterminer le rôle et la structure de protéines virales clés dans la formation de la membrane virale. Le virus de la vaccine est le modèle d'étude des poxvirus grâce à sa facilité de manipulation et à la disponibilité de nombreux outils de recherche. Son cycle d'infection, comme tous les poxvirus, a lieu directement dans le cytoplasme et induit une réorganisation massive de la cellule hôte. L'assemblage de nouveaux virions en particulier est basé sur un mécanisme unique de formation de la membrane virale. Le modèle actuel implique le recrutement de vésicules dérivées du réticulum endoplasmique au site d'assemblage, qui sont ensuite ouvertes par rupture et forment des structures caractéristiques en forme de croissant avec des extrémités membranaires ouvertes. Après l'encapsidation du génome viral, la fermeture des croissants conduit à la formation des virions immatures et plusieurs étapes de maturation sont ensuite nécessaires pour produire les virions matures infectieux. Nous visons à découvrir les mécanismes moléculaires, actuellement peu connus, qui régulent ces processus.
La responsable d'équipe s'est installée en Décembre 2021 dans le département de Virologie de l'I2BC. Elle a obtenu un financement ATIP-Avenir en 2022 pour continuer son travail sur les poxvirus. Avec une nouvelle thématique de recherche de pointe et un nouveau modèle d'étude d'actualité, l'équipe "Réplication et assemblage des poxvirus" combine une expertise en virologie et biologie structurale avec des approches innovantes d'imagerie intégrative : la cryo microscopie électronique et corrélative appliquées à l'étude des infections virales. Le projet proposé contribue à la mise en place d'approches in vitro qui permettent l'analyse de protéines virales essentielles aux remodelages des membranes cellulaires viro-induits et qui sont complémentaires aux travaux de recherche menés par deux étudiants en thèse dans l'équipe.
L'équipe s'intègre parfaitement aux recherches menées dans le département de Virologie qui s'intéressent de manière globale aux mécanismes d'infection, à la formation d'usines virales ainsi qu'aux défenses antivirales. De plus, elle contribue au développement de la biologie cellulaire et structurale in situ à l'I2BC de part des interactions fortes avec les plateformes d'Imagerie-Gif et les autres équipes de l'unité dans plusieurs programmes internes de recherche transverse. Sur le campus de Paris-Saclay, l'équipe participe au groupe de travail pour le développement de la cryo microscopie électronique avec l'installation d'un Glacios (I2BC) et d'un Titan Krios (Synchrotron Soleil) en 2023 en P2. Plus largement, l'équipe a de nombreuses collaborations au niveau local, national et international.

Contraintes et risques

Des déplacements sur le campus de Paris-Saclay (e.g. Synchrotron Soleil, UP-Saclay, CEA) sont à prévoir ainsi que potentiellement des visites dans le cadre de collaborations en France et à l'étranger pour des séjours de courte durée.
Pour les expériences sur le virus de la Vaccine, une formation pour travailler dans un laboratoire P2 est nécessaire.

Postuler

https://emploi.cnrs.fr/Offres/CDD/UMR9198-SOLSTR-001/Default.aspx