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CONTRAT :
Contrat CDD à temps complet de 18 mois
Catégorie : IR
Branche d’activité : Sciences du vivant, de la terre et de l’environnement
Emploi : Postdoctoral position “Antimicrobial resistance in aquaculture and the environment »
Date de début : 01/09/2023
Contrat à 35h50/ semaine ou 38h40
Rémunération selon grille fonction publique : de 2400 à 2800 euros bruts/mois selon l’expérience du candidat

MISSIONS :
Vous vous insérerez dans le projet HOLISTIC “Health risks from water : understanding antimicrobial resistance in aquaculture » résumé ci-après.
Selon les agences mondiales de la santé et l’alimentation (OMS, FAO, OIE) l’antibiorésistance (ABR) est un défi global qui nécessite une approche « One Health ». L’aquaculture est considérée comme un « hotspot » de bactéries antibiorésistantes. En Europe, les experts ont souligné le manque de connaissances sur l’ABR en aquaculture. L’objectif de ce projet est de décrire la dynamique de l’ABR dans 2 systèmes aquacoles (ouvert et recirculé) afin de maitriser ce risque sanitaire, qui peut être véhiculé par l’eau et les poissons. Les hypothèses de travail sont que les risques de présence, persistance et dissémination de l’ABR sont fortement influencés par la qualité microbiologique de l’eau, et varient donc entre les systèmes.

Quatre élevages piscicoles seront recrutés, dont deux en système recirculé et deux en système ouvert, et pour chaque système, un élevage situé en amont et l’autre en aval d’une station d’épuration. Avec une approche holistique, nous allons prélever tous les compartiments (eau, sédiment, poissons, biofilms, aliment) de ces systèmes aux moments clés du cycle de production des truites arc-en-ciel. Une combinaison de méthodes culturales et moléculaires sera utilisée pour caractériser l’ABR. Les indicateurs d’ABR suivis seront des bactéries fécales, des bactéries aquatiques et des gènes d’ABR ayant une importance clinique. Les résultats contribueront à l’analyse de risque de dissémination de l’ABR dans l’environnement aquatique et de transmission aux humains et à l’identification des points critiques pour la maîtrise de l’ABR. Cela permettra à l’aquaculture de développer le système recirculé, considéré comme plus durable.

Missions :
Le candidat sélectionné devra

• Diriger le travail de terrain dans quatre élevages piscicoles en France (collecte systématique d'échantillons d'eau, de sédiments, de fèces de poissons, de biofilms et d'aliments, avec quatre à six événements d'échantillonnage par élevage).
• Réaliser des travaux de laboratoire (bactériologie) avec l'aide de notre technicien (isolement et identification d'Aeromonas, Pseudomonas, Enterococcus et E. coli, tests de sensibilité aux antibiotiques par la méthode de microdilution en bouillon).
• Saisir les données manuellement et gérer les bases de données Calculer les valeurs seuils avec le logiciel ECOFFINDER, si nécessaire.
• Effectuer des analyses statistiques pour identifier les variables qui expliquent la présence de l’ABR dans les fermes piscicoles (des GLMMs sont envisagés)
• Rédiger les publications scientifiques qui en résultent, avec l'aide de l’Investigateur Principal.
• Superviser au moins un étudiant de Master, et présenter les résultats lors de conférences nationales et internationales.

Compétences :
Requis :

• Doctorat d’Université dans une discipline connexe (sciences biologiques, environnementales ou agricoles), avec un intérêt pour les risques microbiens à l'interface des animaux, des  humains et de l'environnement.
• Solide dossier de publications, de préférence dans des revues internationales dans les domaines de la microbiologie ou des sciences vétérinaires.
• Expérience de travail sur le terrain dans des élevages ou d'autres environnements de production alimentaire.
• Expérience de travail en laboratoire de microbiologie.
• Compétences en matière d'analyses statistiques.
• Bonnes capacités de communication en anglais (oral et écrit).
• Pour les candidats non francophones : intérêt pour l'acquisition de compétences de base en communication orale en français au cours des premiers mois de la nomination.

Autres compétences souhaitées :

• Connaissance et/ou expérience de travail sur le terrain en aquaculture ou dans les environnements aquatiques.
• Solides compétences organisationnelles liées à la logistique de la planification du travail sur le terrain.
• Expérience dans un laboratoire de bactériologie, et en particulier dans les tests de sensibilité aux antibiotiques.
• Expérience dans l'utilisation de modèles mixtes linéaires généralisés avec le logiciel R.
• Bonne capacité de communication orale en français.

Origine du financement :
Projet HOLISTIC (Health risks from water : understanding Antimicrobial Resistance in Aquaculture) financé par le programme Etoiles Montantes de la Région Pays de la Loire.

CONTACT :
Veuillez envoyer votre CV et une lettre de motivation (2 pages maximum) à Nora Navarro-Gonzalez (nora.navarro-gonzalez@oniris-nantes.fr) et Ségolène Calvez (segolene.calvez@oniris-nantes.fr).
La date limite de dépôt des candidatures est fixée au 31 mars 2023.